מערכת החינוך בקיבוץ המעפיל מורכבת ממספר רבדים:
מערכת הגיל הרך - בה מתחנכים ילדים מגיל 0 ועד גיל 6 - במסגרות מותאמות לגיל הילדים: בית תינוקות, פעוטונים וגנים.
בתי ספר - ילדי המעפיל מתחנכים בבתי הספר האזוריים שבעמק חפר.
ילדי כיתות א'-ו' לומדים בבית ספר ניסויי משגב שבגבעת חיים איחוד.
חינוך בלתי פורמלי - מיועד לכל התלמידים בכיתות א' -יב', ומופעל לאחר שעות הלימודים ובחופשים.
